SeaView

Descargar SeaView

avanzada y un programa portable para la alineación de secuencias múltiples y análisis de filogenia molecular que lee y escribe en varios archivos, como NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE y de nuevo en Seaview 5.0.4 Newick

Qué:

  • NUEVO: realiza con vistas al mar reconciliación entre genes y especies árboles usando la versión Treerecs 1,2
  • NUEVO: el apoyo de arranque opcionalmente con el método de “transferencia bootstrap expectativa”
  • NUEVO: recorte en reglas para acortar los nombres de secuencias largas en los árboles filogenéticos
  • NUEVO: versión de 64 bits para la plataforma MS Windows

SeaView es una aplicación de software diseñado específicamente para ayudar a estudiar y analizar los alineamientos de secuencias, así como la filogenia molecular. Se integra capacidades de lectura y escritura de varios formatos de archivo, como NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE y archivos Newick.

paquete portátil

Este es un programa independiente que se puede ejecutar directamente en su ordenador sin ser instalado de una manera que altera la información de configuración del registro de Windows. Puede almacenar la utilidad en cualquier dispositivo de almacenamiento tales como unidades flash USB.

La mejor parte cuando se está utilizando herramientas portátiles es que usted no necesita privilegios de administrador para ejecutar los programas, ya que no salen de archivos o la configuración en el equipo host.

interfaz de usuario

Aunque la interfaz gráfica de usuario no no impresiona mucho en el departamento visual, en realidad es práctico y fácil de trabajar. soporte de arrastrar y soltar también está en la lista de características por lo que puede importar rápidamente los datos de un archivo externo.

Puede hacer uso de atajos de teclado para explorar los datos o clics del ratón de prensa para seleccionar elementos en movimiento y secuencias seleccionadas a otro lugar en una alineación. La herramienta también se puede ejecutar mediante la línea de comandos.

la importación / exportación de opciones

Aparte de los formatos de archivo compatibles que se han enumerado en la introducción, se puede añadir información de diversas bases de datos, tales como el EMBL, GenBank y SwissProt / UniProt.

Además, puede guardar la alineación de los datos del archivo o de exportación actuales a un archivo, guarde la alineación de formato de archivo PDF (se le da la libertad para alterar el tamaño de fuente, el bloque y papel, cambiar el color, y sólo de salida sitios variables de la alineación y sus posiciones). Se le permite añadir una alineación al final de otro uno por su nombre o rango.

funciones de edición y opciones de alineación

SeaView le da la posibilidad de copiar las secuencias seleccionadas en el portapapeles, pegar datos de alineación desde el portapapeles, seleccione todas las secuencias de la alineación, cambiar el nombre de la secuencia seleccionada en ese momento, comentarios de edición, así como alter una secuencia pegando datos externos o la apertura de dos paneles de secuencia de la edición y la transferencia de información entre ellos.

Otras tareas útiles que se pueden aplicar a las secuencias se refieren a borrar, crear y cargarlas. Además, se puede duplicar y revertirlas, realizar un análisis gráfico de puntos, eliminar todos los sitios de la brecha de la alineación y ajuste el código genético para la traducción a proteína la secuencia seleccionada (s).

Cuando se trata de acciones que ayudan a administrar las alineaciones, es posible que encuentre la alineación de destino en todo o secuencias seleccionadas, los sitios seleccionados o un perfil (más específicamente un grupo de secuencias pre-alineados). Los valores de configuración

y otras herramientas poderosas

SeaView le permite ajustar el tamaño de fuente utilizado a secuencias de visualización, las secuencias de ADN de visualización como las proteínas, reglas de color de uso para la definición de las secuencias de proteínas, generar estadísticas sobre la base o amino composiciones secuencia de ácido, de transición y conteos de transversión, especifican las partes de un alineamiento múltiple que se almacenan para su posterior análisis, crear y almacenar conjuntos de especies, si se utiliza el formato Mase o nexo, insertar líneas de comentarios en la parte inferior de la pantalla, y llevar a cabo búsquedas.

Además, es posible calcular, dibujar, importación y Guardar ADN o árboles filogenéticos de proteínas, la trama, parada de impresión y copia los árboles filogenéticos, y realizar un análisis de ‘gráfico de puntos’ de dos secuencias.

El fondo

Con todo, SeaView demuestra ser un programa avanzado para alineación de secuencias múltiples y filogenia molecular, y es adecuado especialmente para los usuarios de energía.

Archivado bajo

Leer alineación de los formatos de alineación gráfica editor de formatos de escritura alineación Alineación de Secuencia Read Write

Leave a Comment