jModelTest

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Un

habilitado para Java aplicación que puede ayudar a los científicos analizar las sustituciones de nucleótidos, con un máximo de cinco estrategias de selección de modelos de nuevo en jModelTest 2.1.7

Qué:

  • Solución de error con caracteres especiales en los caminos
  • Agregado comprobación inicial de los binarios Phyml
  • Agregado notificación en caso AICc produce valores negativos
  • aceptan para variables de entorno en el archivo de configuración

jModelTest es una aplicación científica que puede realizar una selección de las sustituciones de nucleótidos, útiles en el análisis de ADN, con soporte para grandes paquetes de datos.

Es un proyecto multiplataforma de código abierto que se dirige a estudiantes, maestros, así como investigadores en el campo de ADN. La mayor parte del análisis se realiza de forma automática, sin embargo, se espera que el conocimiento avanzado de nucleótidos del usuario, sobre todo para la interpretación de los resultados.

jModelTest se basa en el entorno de ejecución de Java para ejecutar con éxito, pero esa es la única dependencia que debe proporcionar. Viene envuelto en un paquete portátil, por lo tanto, no es necesaria la instalación.

La interfaz de jModelTest es bastante simple, pero las funciones incrustadas en su interior son de una naturaleza más compleja. La mayor parte de la interfaz gráfica de usuario está dedicado al análisis de los datos y los informes que resultan de este proceso, que, dependiendo de la información contenida en el archivo de origen, puede ser bastante largo.

Hay cinco estrategias de selección diferentes y éstos están incrustados dentro del menú de Análisis, de la siguiente manera: AIC (Akaike criterio de la Información), BIC (Criterio de Información Bayesiano), DT (Teoría de la Decisión), hLRT (pruebas de coeficiente de riesgo jerárquica) y promediando filogenética .

Todo esto puede ser configurado antes de que el proceso de análisis real; por ejemplo, puede ajustar el intervalo de confianza o configurar la aplicación para llevar a cabo un modelo de promedio. Por si fuera poco, también se puede instruir al programa para hacer un cálculo de puntuación de probabilidad de que depende de una variación del tipo personalizable y un modelo de árbol de base preseleccionado.

En conclusión, jModelTest puede ahorrar el tiempo y el esfuerzo de los científicos que invertirá en la realización de operaciones de análisis de ADN por medios tradicionales. Sin embargo, se recomienda que los resultados pueden verificar a fondo, por si acaso.

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