Clustal X

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Esta aplicación cuenta con un programa de alineación de secuencias múltiples de propósito general para el ADN o proteínas, la realización de comparaciones y análisis de la generación de informes

Clustal X es un programa avanzado que se ocupa de alineación de secuencias múltiples de proteínas y ADN. Diseñado como una interfaz gráfica para ClustalW, el programa lleva a cabo el análisis de secuencias en profundidad, mientras que también ofrece muchas utilidades para realizar comparaciones adecuadas.

Cargar múltiples formatos especializados

El programa es capaz de trabajar con secuencias de listas, importados de archivos de los siguientes formatos: EMBL / SWISSPROT, NBRF / PIR, Pearson (Fasta), GCG / MSF (Cacharro), Clustal (*. ALN), GCG9 / RSF y GDE.

Durante el proceso de importación, Clustal X intenta detectar si las secuencias son nucleótidos o aminoácidos, pero no hay garantía real de que la elección será correcta.

Hábilmente destacando elementos importantes

Una vez que el archivo de origen se ha cargado, la alineación de secuencias se mostrará en la ventana principal del programa. El incorporada en la combinación de colores sirve para destacar características conservadas, haciéndolos estallar hacia fuera a través de colores vivos.

Con el fin de distinguir el contenido de las secuencias, se recomienda que utilice un tipo de letra más grande; esto se traducirá en una vista ampliada de secuencia, por lo que es más fácil de detectar su composición.

Fácil proceso de alineación

Las operaciones permitidas por el programa make bastante la lista; puede añadir una secuencia a una alineación, corte existente o pegar un fragmento, así como para buscar una cadena, o eliminar las lagunas existentes.

Además, se puede llevar a cabo alineaciones mediante uno de los métodos siguientes: completa (la secuencia se someterá a un análisis completo), guía único árbol o una realineación de las secuencias seleccionadas y / o intervalos de residuos.

Se recomienda que antes de comenzar un proceso de alineación, se restablece todos los parámetros (nuevos vacíos, huecos de proteínas) con el fin de que los resultados sean concluyentes.

Analizar los datos y obtener una puntuación de calidad de alineación

Uno de los más importantes indicativa del análisis será el nivel de calidad de alineación, que se representa de forma individual para cada columna. Una puntuación alta designa una columna bien conservadas, mientras que los niveles bajos de conservación se indican mediante una puntuación más baja.

En conclusión

Sin embargo, el análisis depende de una variedad de parámetros, que se fijará de acuerdo con el propósito científica que necesita ser llevado a cabo. En definitiva, el programa hace una gran opción para los científicos, así como los estudiantes que están buscando para hacer un portador de la secuenciación del ADN.

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